倍率が変更されるとのことですが、数％ではなく大きく変更される（数10％単位）ということでしょうか？
画像（ドキュメント）を配置する際に、「読み込みオプションを表示」にチェックを入れて、
読み込みオプションのオプションを「トリミング」など、アートボードサイズベースに変更した場合はどうなりますか？
この設定はIllustratorのドキュメントを「PDF互換ファイルを作成」にチェックを入れたAi形式で保存した場合に有効となります。
また、配置しようとしているフレームに「フレーム調製オプション」が設定されていませんか？
No.09 自動フィット | InDesign CS5 & 5.5 | InDesignの勉強部屋
こちらが設定されていると、フレームや画像のサイズ変更時に思わぬ挙動をすることがあります。